这个年轻人生性残忍、任性，权力欲很强，处处想模仿他的祖先查士丁尼一世，渴望继续开创大业。他有野心、有魄力，在他的统治下，帝国曾一度辉煌。但是，他的专横和任性最终却使他失去了民心，葬送了他祖先开创的延续了100年之久的伊拉克略王朝。
查士丁尼二世继位之初，东方边境的形势很好，阿拉伯表示愿意交纳贡品，与拜占廷和平相处。这样，查士丁尼二世就可以把精力放在巴尔干半岛上。公元688年，他下令对斯拉夫人居住的地区发动大规模进攻，夺回了被斯拉夫人占领的萨洛尼卡，还迫使他们向拜占廷俯首称臣。然后，他又把斯拉夫人大批地向东边移民，让他们到小亚细亚一些被战争破坏的地区，恢复那里的生产，发展经济，巩固国防。
查士丁尼的移民政策不仅强加于斯拉夫人，同时也强加于居住在叙利亚边境的马尔代特人。
马尔代特人世代居住在大山里，对各处山隘险要了如指掌，作战勇敢，经常帮助拜占廷抵御入侵的阿拉伯人。当阿拉伯与拜占廷议和之后，查士丁尼二世便自作主张地将这些山民迁往内地和沿海，他还把一大批塞浦路斯居民迁到基齐库斯附近，建立新城。他将新城命名为查士丁尼城。这样一来，使得许多塞浦路斯城镇荒废，岛上的大批居民不愿离开故土家园，在迁徙中纷纷逃亡。
查士丁尼的移民政策虽然是出于国家利益的考虑，却给这些地区的人民造成巨大的灾难，这使他丧失了民心。当公元691年与阿拉伯又发生战争时，尽管皇帝御驾亲征，仍一败涂地。斯拉夫军人集体叛变，投奔到阿拉伯方面，成为阿拉伯军队的重要力量。查士丁尼侥幸得以逃脱。
在宗教方面，他也采取了与罗马教皇对抗的政策，甚至下令派人到罗马城去拘捕教皇到君士但丁堡来受审。这一做法激怒了东方民族，罗马的民兵和拉温那的民众积极行动起来保护教皇。查士丁尼二世的特使无处藏身，跑到教皇宫中乞求饶命。
由于查上丁尼刚愎自用、暴躁易怒的性格，做了许多危害贵族和人民利益的事，使他自己四面树敌。而他身边的两位近臣斯蒂芬和塞奥多布斯更是为虎作伥、残忍贪婪，对于心怀不满的人一概采取无情的镇压态度，监牢里关满了各类“人犯”，其中也确有企图策划谋反的政治犯。曾经在征服亚美利亚战争中立下赫赫战功的莱昂提图斯也因“图谋不轨”的罪名，在狱中苦熬3年。他对查士丁尼恨之入骨，发誓要寻机报复。
后来由于军事上的需要，查士丁尼二世释放了莱昂提图斯，并重新起用他。这对莱昂提图斯来说是复仇的好机会。公元695年，他在希腊军区起兵，打出造反的大旗，民众纷纷响应，大军攻下君士坦丁堡，迫使查士丁尼二世宣布退位。
菜昂提图斯下令把倒台的皇帝押到竞技场，当着千千万万民众的面，割掉了他的鼻子。在公元7世纪，施鼻刑是拜占廷常用刑罚，查士丁尼的父亲君士坦丁四世就曾割掉他两位企图夺权的弟弟的鼻子。在权力斗争中，被割掉鼻子是象征失败者的屈辱。然后，查士丁尼被发配到黑海北岸的克里米亚半岛上，关押在克尔松城。
但是，莱昂提图斯治理国家也不在行，他当了3年皇帝之后就被军人推翻，而且同样被割掉了鼻子，打入修道院。这次登上王位的是提庇留二世。
流放在克尔松的查士丁尼由此又看见了希望。3年来，他从没有承认自己的失败，内心充满复仇的火焰。他凶狠、残忍，同时也是个顽强的人，他开始策划逃离克尔松。
克尔松当局察觉到查士丁尼的骚动不安，决定把他送回君士坦丁堡关押，以防不测。可是他们行动晚了一步。查士丁尼在他们行动之前一天逃脱了。
他逃到卡扎尔汗的辖地，受到热情的接待。卡扎尔汗还将自己的妹妹许配给他。这位公主接受基督教洗礼后，查士丁尼仿效他的祖先查士丁尼一世，也将他的妻子改名为提奥多拉。
查士丁尼二世的出逃，引起提庇留二世的恐慌和忧虑，他派了特使去见卡扎尔汗，要求把查士丁尼押送回君士坦丁堡。
卡扎尔汗显得犹豫不决，他没想到消息这么快就泄露出去。查士丁尼是否有能力东山再起，这件事看来希望不大。如果拒绝君士坦丁堡方面的要求，必将影响两国的关系。最后，卡扎尔汗表示同意将查士丁尼引渡回国。
查士丁尼得到这一消息，不由大吃一惊。他来不及跟他新婚的妻子告别，就独个儿骑上一匹快马，飞快地逃离卡扎尔。
在历经许多艰险后，查士丁尼来到黑海北岸的保加尔人辖地，请求援助。保加尔汗特维尔出于自身利益的考虑，慨然允诺出兵帮助查士丁尼恢复皇位。
查士丁尼大喜过望，感激不尽。
公元705年秋天，特维尔亲率一支大军护送查士丁尼二世回国。在君士坦丁堡城下，双方展开了激战。强攻不下，查士丁尼突然想起来，在城西有一条引水渡槽从山上凌空而下通往城里，作用是保证首都用水。这倒是个防守薄弱的极好的突破口。
他们挑选了数百名精兵，乘夜色膝陇之际，爬上渡槽，顺着水流潜入城中，出其不意地向守军发起突然袭击，一举攻下了君士坦丁堡。
提庇留二世见势不妙，混在逃跑的百姓中溜掉了。
查士丁尼搜罗旧日党羽，重新登基称帝。在那之后的6年中，拜占廷处于这位“没有鼻子的皇帝”的统治之下，这在古今中外的历史上是绝无仅有的。
查士丁尼二世可谓是个意志坚强的人，他忍受了鼻刑之辱和丢失王位流放他乡的巨大痛苦，而且居然奇迹般地东山再起，这的确令人敬佩。
然而，当他重登帝位之后，首先想到的不是如何重建自己的国家，而是要对他的仇人进行大肆报复。首先，他从卡扎尔迎回了他的妻子和尚在襁褓中的儿子，将儿子封为“共治皇帝”，实际上是确立了自己的继承人。
然后，他向帮助自己复位的保加尔人表示了深切的感谢，许诺今后将每年向保加尔缴纳贡品，并赐予保加尔人首领特维尔“凯撒”头衔，这个头衔，仅次于皇帝。查士丁尼二世是拜占廷历史上第一个把“凯撒”的称号赐给外族王公的皇帝。
为了表示对特维尔的尊敬和感激，查士丁尼请特维尔与自己并肩坐在金殿上，接受臣民的朝拜与祝贺，然后才隆重地送走特维尔。
查士丁尼开始无情地消灭自己的政敌。他首先下令将篡位夺权的莱昂提图斯和提庇留——拘捕归案，把他们当众处死。然后又处死这两人的同党，悬尸示众。君士坦丁堡的城墙上挂着一长排尸体，阴风瑟瑟，尸体在缓缓地悠悠转动，其情景令人毛骨悚然。
首都内外一片恐怖气氛。对于曾经帮助莱昂提图斯登基、为他加冕的君西坦丁堡大教长，查士丁尼则采取了比较“温和”的态度，下令挖出他的双眼，留了他一条命。
大批的牺牲者并没有使查士丁尼的报复心得到满足，10年的流亡生活使他变得更加阴狠、毒辣。由于前两次政变的发动者都是军人，他们的同党也大多数是军人和大贵族，查士丁尼的复仇之剑便指向军队，凡是稍有嫌疑的军队将领，都被他一批批地赶尽杀绝，这就导致帝国军队的瓦解。公元705年冬天，阿拉伯人由小亚细亚长驱直入，陆续占领了卡帕多西亚和西利西来，以及许多重要的军事据点。君士坦丁堡危在旦夕。
面对这样严峻的形势，查士丁尼二世仍没有停止他疯狂的报复。他不考虑如何去击退阿拉伯人，而在绞尽脑汁策划怎样惩罚当年帮助教皇、使他威信扫地的拉温那人民。他派出一支军队攻进了拉温那，在城市大肆抢劫蹂躏之后，把大批平民百姓拴在铁链子上，押回君士坦丁堡处死。
克尔松是他10年流放的地方，这里是他个人历史上最屈辱、最灰暗的一页。查士丁尼早就耿耿于怀，要对克尔松人民进行残酷的报复。他派出军队到黑海北岸的克尔松，见人就杀，见物就抢，血流遍地，惨不忍睹。
克尔松人民终于忍无可忍，他们奋起反抗，发动了抵抗暴君的起义。查士丁尼派出的军队中一部分将士也加入了起义军的行列，因为他们知道，如果这次出征失败，那个残暴的皇帝是不会轻饶他们的。
卡扎尔人也支持这次起义，他们不想放过这个入侵克里米亚半岛的机会。
起义军人选出了亚美尼亚人瓦尔达内·菲利皮科斯为新皇帝，一支庞大的舰队浩浩荡荡地驶抵君士坦丁堡。城内居民自动打开城门，迎接起义军进城。
混乱之中，查士丁尼二世被他的一名随从官杀死。从此结束了延续百年之久的伊拉克略王朝的统治。