建文帝继位后，对朱元璋采取的极端皇权专制进行了一些改革，交大臣以实权，他本人亦虚心纳谏，使朝政出现了一些民主气氛。
朱元璋按封建礼法传统，立朱允炆为皇太孙，朱元璋死时，他已21岁了。继位后改“洪武”为“建文”，史称“建文帝”。
一个“洪武”，一个“建文”，可见建文帝的改革主要是去掉朱元璋的苛政，建立文官政权，推行宽松和谐的政策。当时，朝廷一片清明。这和朱元璋的初衷确实有差距。
洪武二十五年皇太子朱标病逝，朱元璋不得不重新考虑皇位的继承问题，在此期间，他曾想到了皇四子朱棣，因为他看出朱棣有许多地方都与自己非常相似，但向群臣咨询的时候，大臣刘三吾提出，如立皇四子，那么将皇二、三子立于何地?
特别还有的大臣引经据典说，当年刘邦认为戚夫人所生的如意“类我”，准备废掉惠帝，结果导致如意被杀身亡。
朱元璋也考虑，已经分封了诸王，而且皇二、三、四子分别被封为了秦、晋、燕王，三人的封地都是边境重镇，而且手握重兵，一但由于争储而出现内讧，后果将非常严重。因此朱元璋只得将朱标的次子朱允炆立为皇太孙(朱标长子早逝)。
洪武三十一年朱元璋病逝，朱允炆正式即位，改明年为建文元年。从年号上不难看出，一个建文，一个洪武，二位皇帝的性格截然不同，而且朱元璋不愿立皇太孙的一个重要原因就是朱允炆像他的父亲一样，过于柔弱，过于仁慈，受儒家思想的影响太严重，恐怕日后会吃大亏。
建文帝即位之后，一改洪武时期的紧张气氛，他重用黄子澄、齐泰、方孝儒等文人，对先朝的政治实行改革，为无论是百姓，还是官吏都创造了一个宽松的环境。改革取得表面的成功，但是，任何一个帝王都要作的一件事“削藩”。
当时的藩王多是朱允炆的叔叔，而且手中都有兵权，他们在自己的藩地为非作歹，有的甚至摩拳擦掌准备造反。燕王朱棣就是其中最有代表性的一位，当时朱元璋的前三个儿子都已经亡故，朱棣成为了皇子中的最长者，而且随着朱棣在对蒙古作战的过程中不断壮大，他已经成为了皇权最大的威胁。
某种意义上说建文帝的削藩就是针对燕王一人的。但建文帝的软弱害了他，在重大问题的决策上，这是他的第一个错误。他并没有先削燕王，而是从其他亲王下手，这样即引起了亲王们的岌岌自危，还打草惊蛇，使得燕王加紧做出准备。
在建文帝决定对朱棣下手的时候，为时以晚，燕王朱棣迅速扯起了靖难的大旗。
在最初的战斗中朝廷的兵力占绝对优势，但由于李景隆的指挥不当，明军屡遭败绩。但由于兵力所限，燕军占领的城市都是很快的放弃，因此双方展开了拉锯战。在此期间明军中涌现出了一批比较优秀的将领，他们的顽强抵抗给朱棣造成了极大的威胁。
但是朱允炆的软弱再一次显示出来，他的一道圣旨，“我要活的叔父”使得朱棣逃过了多次劫难，建文帝的妇人之仁最终将朝廷推向了深渊。
经过四年的拉锯战之后，燕王正确分析了形势，只要建文帝在一天，地方军对就会抵抗一天，而且自己就是叛王，但如果一旦攻占了南京，赶走了建文帝，那么自己就可以成为一国之君，相信也没有多少人反对，因为大家都是观望的态度。
朱允汶对朝政放手，注意倾听大臣们的意见，放手让他们管理。但是，他对内廷宦官管理的非常严密，甚至苛刻，所以，有的宦官不断给朱棣通风报信出主意，说朝廷大军都在北方打仗，现在南京空虚，如果趁此时提兵南下，他们联合拥护朱棣的王公大臣作为内应，一举夺取南京，天下局势可定。
于是，朱棣指挥燕军绕过大城市、一路南下，当时的建文朝廷已经乱作了一团，很多地方将领按兵不动，很快燕军就攻到了南京城下，城内的亲王与某些将领又擅自开门投降，南京终于被占领，建文帝不知所终，而且正如朱棣所料，地方上几乎没有人反对。
朱棣的靖难之役宣告成功，自己也登上了皇位，年号永乐。而在朝廷内却是另一藩情景，投降的文臣只有廿四人，其他或逃跑，或自杀却有千人。永乐朝廷几乎无人可用，可见建文帝在文人心目中的地位是相当高的。
建文帝的帝王宝座，只坐了四年即告结束，作为皇帝他太过仁慈，有时甚至优柔寡断，如果让他作臣子，相信他可以爱民如子，两袖清风，但做皇帝不一样，皇帝注定与鲜血分不开，他要排除异己;他要树立皇威，如果不能做到这些，皇帝也终将被历史淘汰，建文帝就是这样一个悲剧人物。