史书上对马皇后多有褒言，《明通鉴》称：后，宿州人，仁慈有智鉴，好书史，佐上定天下，恒劝以不嗜杀人为本。及册为皇后，勤于内治，暇则讲求古训，告六宫以宋多贤后，命女史录其家法，朝夕省览。……妃嫔、宫人皆厚待之。命妇入朝，如家人礼。爱诵《小学》，尝求上表章。上决事或震怒，辄随事微谏。虽上性严，为缓刑，戮者数矣。
从这段记载上可见，吕雉与马秀英是两个完全不能相比同论的皇后，一个恶毒，一个仁慈;一个不守妇道，搞乱后宫，一个恪守女道，稳定后宫;一个烦神，一个省心。
在这一点上，刘邦确实是不幸的，而朱元璋则是幸运的。马皇后为他生育了不少儿子，《历代陵寝备考》称，“后生懿文太子、泰王樉、晋王桐、成祖、周王”(注，有史书称马皇后不能生育，朱棣非其亲生)，还为他的政事操心。
马皇后多次劝朱元璋：“诚如陛下言。妾与陛下起贫贱，至今日，恒恐骄纵起于奢侈，危亡起于细微。故欲得贤人，共理天下。”
如果不是马皇后，朱元璋还不知要滥杀多少人呢。而刘邦的皇后吕雉呢，则嫉贤妒能，为了坐稳自己的皇后，什么事都干得出来。
朱元璋也深知自己妻子的贤能，在马皇后生病后，朱元璋为她请来了良医，还亲自送饭，亲手喂药，大臣也为她祷祀。
《明通鉴》载，马皇后告诉朱元璋：“死生命也，祷祀何益?且医何能活人，使服药不效，得毋以妾故罪诸医乎?”
《国榷》也称：后微时，依郭子兴家，事上备极艰苦。每佐征讨大策，补缝行间，虽贵极，谦素不渝。上或谴怒，辄婉辞。朝夕尚食，手剂之，其谨微类此。疾笃，不复饮药。曰：“药无益，徒为医者累”。
临死时，朱元璋问她有什么话留下，她说，“愿陛下求贤纳才，慎终如始。”洪武十五年，马皇后死了，时年51岁。当时朱元璋是泪如雨下，至死也没有再立一个皇后。
死后，朱元璋给马皇后很高的荣誉，谥之“孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后”，孝陵之名即由此而来。
嘉靖十七年，加谥“孝慈贞化哲顺仁徽成天育圣至德高皇后”(《明史·后妃传》)。